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La organización Ecologistas en Acción considera necesario que España y Portugal elaboren estudios científicos que determinen el grado de contaminación que en la actualidad tiene el bajo Guadiana y su influencia en el desarrollo de la flora y la fauna en él presente.

La organización ha precisado que esta reclamación parte de la consideración del régimen de caudales ecológico como el que posibilita la conservación de sus funcionalidades ambientales, incluyendo el desarrollo de fauna y flora estuarina, de gran importancia económica para las pesquerías del litoral, así como el transporte de nutrientes y sedimentos.

Por ello, considera "urgente" la incorporación del conocimiento científico en esta materia para el estuario del Guadiana por parte de ambos países, tanto por el carácter internacional del río y el hecho de que forma parte de la Red Natura 2000 europea, así como por que los caudales ecológicos dependen ahora de los sistemas de embalse de Alqueva (Portugal) y Chanza-Andévalo (España).

La "insuficiencia" de datos actualizados sobre la contaminación del acuífero asociado al Guadiana en la zona de San Silvestre, Villablanca y Ayamonte (Huelva) y el aumento de la misma en algunas de las riberas directamente vertientes al estuario en esa zona, lleva a Ecologistas en Acción a plantear la necesidad la creación de nuevos puntos de muestreo y estudio y evolución de la contaminación difusa en dicha zona.

Considera también la organización que no se puede seguir corriendo el riesgo de "aumentar las fuentes de contaminación" por la agricultura intensiva y se debe proceder a la moratoria de nuevas concesiones de riego, hasta que "la recuperación del acuífero y el control de la contaminación actualmente existente sean un hecho".